Налоговые органы скорее всего будут трактовать ситуацию так:
НДС подлежит возмещению по объектам приобретаемым для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения НДС (в соответствии с со
[...]) и инспектора будут увязывать право на вычет не с целями для которых приобретался объект а с фактом использования. Соответственно НДС возместили неправомерно.
Могу посоветовать сдать уточненную декларацию, от греха подальше ...
А в текущем периоде спокойно ввести в эксплуатацию и возместить НДС.
PS Вообще достаточно много судебных решений по аналогичным ситуациям в пользу налогоплательщиков, но думаю, что это не Ваш случай (по сумме операции).