Счет и счет-фактура от филиала и головной соответственно.. как быть с учетом?

Добрый День!
Никак не могу докопаться до истины!.. А тут наткнулась наконец на что-то подобное.. У меня ситуация следующая.. Поставщик оказывает нам услуги связи. Счет фактура выставлена от лица головной организации, акт и счет от регионального отделения. Оплату мы производим согласно счета, то есть на региональное отделение.. Таким образом суммы по Дебету и Кредиту висят обособленно... Подскажите пожалуйста как правильно "пересечь" эти две суммы... Главный бухгалтер говорит путем корректировки долга... Но случай оказания услуги не единоразовый.. Мне это кажется не совсем верным... Может я наконец-то разбирусь как мне поступить?...
Подскажите пожалуйста...