Могут оштрафовать виновного. Хотя сложно судить - в разных организациях свои требования, а в разных странах...
Вообще-то, по правилам, так: инициируется непосредственным линейным руководителем "своя" ревизия по причине выявленного вопроса. Составляется акт, по результатам все номера сводятся и принимается решение, с какого теперь вести деловодство дальше. Виновному сотруднику - выговор, можно и без занесения. Утверждается... нужно знать, кто у вас там где... А вообще, начальник производства, один из замов гендира, зам гендира по персоналу...
Хотя еще совет - посмотрите, есть ли какой документ по учету фирменных бланков с нумерацией? Если есть документ - прописано там конкретно, что по порядку или просто регистрация номера? От этого можно и всю ситуацию безболезненно раскрутить. Я сильно сомневаюсь, что где-то указано - в порядке очередности. А если этого не было и учет номеров бланков велся, и количество отправленных бланков совпадает (сумма остатка сходится), то и нарушения нет.
Начинайте с буквы внутреннего нормативного документа!