Объясните плиз

Объясните, пожалуйста, в чем разница между отделом и подразделением и если есть разница, то как оформлять то и другое?

Г.Минцберг "Структура в кулаке" . Очень рекомендую.
А вообще мы лично при прописании структуры компании просто определили лестницу и волевым решением обозначили, что у нас и как называется.
Пример:
Подразделения (зам. гд по производству, фин. директора и т.п.)
в них:
отделы или цеха
в них:
группы, участки и т.п.

а затем прописали положения по стандартной схеме - цели, ответственность, задачи и т.п.