Документооборот в проектной организации

Здравствуйте

Наша контора открывает новое направление деятельности (точнее, реструктруризует старое), которое планируется организовать как проектную организацию, по типу матричной структуры. В связи с этим возник вопрос, как наладить в ней документооборот. Вопрос тесно связан с обязанностями и задачами каждого отдела, и с разрешением конфликтов между руководителями проектов и руководителями функциональных подразделений. Пока не удается детально прописать обязанности проектной службы и руководителей проектами. Соответственно, неясно, кто перед кем отчитывается, кто кого о чем информирует, кто принимает решения по тем или иным вопросам - функциональные службы или руководители проектов.
Тем более неясно, стоит ли делать единую систему документооборота или подгонять ее под каждый проект отдельно, а наверх давать единые агрегированные показатели.

Если кто-то уже сталкивался с этим комплексом проблем, пожалуйста откликнитесь.