Напишите директору должносную записку, что так мол и так нарушаем мы, поэтому надо устранить нарушение в протимном случае така я то ответственность. Все оформите по закону, зарегистрируйте ее в соответствующем журнале, отнесите директору и забудте. В случае проверки (конечно если у вас нет обязанности и прав в должносной инструкции самостоятельно разрешать данные ситуации) отвечать будет он. А если Вы как исполняющий эти обязанности сотрудник должны это сделать, возьмите и сделайте (приказ, запись в трудовой и все что положено).
Это надо было сделать с самого начала, и не доводить до того когда директор безсмысленные приказы издает.
А вот хочу спросить, пройдет аттестация, и что с результатами, всеравно надо будет присваивать какие то категории работникам и определять зарплаты этим ктегориям. А если кто то умней окажется, не по зарплате, что начать жульничать и присвоить ему меньшую категорию, за это уже уголовная ответственность предусмотрена, вы лишили человека денег (обокрали его по сути по средствам мошенеческих действий). Вам это надо, кстати директор на себя эту ответственность не возьмет, вам прикажет, а это отекчающие обстоятельства совершение мошенечества в составе организованной группы, так что читайте уголовный кодекс вашим будующим дейсвиям много статей от туда подходит.
Так что поговорите серьезно с директором о всех последствиях и скажите, что это черезчур УК РФ ради сомнительных выгод нарушать.